本科是EE方向的，申请美国研究生的时候可以申请CS吗？

可以。 EE专业和CS专业有非常广泛交叉研究和应用。
Electrical Engineering（简称EE）是现代科技领域的核心学科之一，几乎涵盖了所有与电子，电力，电磁方面的学习和应用的一个工程领域。美国主要大学EE学科的教学与科研领域可以归归纳为11个方向，分别为：1）Telecommunication Systems and Computer Networks；2）Computer Engineering；3）Signal Processing；4）Electric Power Technology；5）Electromagnetics；6）Microstructure/Micro-Electro-Mechanical Systems(MEMS)；7）System Control；8）Electronics&Integrate Circuit；9）Photons and Optics；10）Material and Equipment & Device；11）Bioengineering
Computer Science（简称CS）是一门包含各种各样与计算和信息处理相关主题的系统学科，从抽象的算法分析，形式化语法等等，到更具体地主题如编程语言，程序设计，软件和硬件等。它融合了工程，科学，数学，经济学，音乐，语言学等等。研究方向可以细分为：体系结构，编译器，和并行计算（Architecture, Compilers and Parallel Computing）,编译语言（Programming Languages), 人工智能(Artificial Intelligence), 图形学与多媒体(Graphics and Multimedia), 人机交互(Human-Computer Interaction), 系统与网络(Systems and Networking), 信息安全(Security), 软件工程(Software Engineering), 数据库与信息系统（Database and Information Systems), 计算科学(Scientific Computing), 理论与算法(Thoery and Algorithms), 生物信息学和计算生物学(Bioinformatics and Computational Biology), 计算机教育(Computers and Education).
EE和CS的交叉领域CE, 研究领域包括计算机体系结构(Computer Architecture), 计算机网络(Computer Networks), 计算机系统(Computer Systems), 计算机视觉，图像处理，多媒体(Computer Vision/ Image Processing/ Multimedia)，嵌入式系统(Embedded Systems)，机器人(Robotics), 超大规模集成电路与计算机辅助设计(VLSI&CAD). CE侧重于电子计算机技术应用方面的研究，主要针对计算机硬件层面以及软硬件结合的研究和学习。
希望对你有帮助~~

清楚本科的意义方向是什么，我也不清楚，申请美国研究生如何申请我也不是很了解。

本科是意义方向的申请美国研究生的时候可以申请she is马克