直接去日本读研究生还是在国内读研然后在去日本读博

看你个人自己选择吧，如果能早去日本的话可以再日本读研再继续读博呗，

去日本读研的话可以先申请日本的修士预科即研究生，在研究生在读期间考修士即可了，
建议有N2及以上的水平，如果是理工科最好考一下托福/托业，像是经济经营的文科也考一下为好

对于不知道如何选择留学院校及专业的学生来讲，可以把你的一些GPA、语言成绩、所学专业、就读院校类型（985、211or双非）等信息输入到留学志愿参考系统中去，系统会自动从数据库中匹配出与你情况相似的同学案例，看看他们成功申请了哪些院校和专业，这样子就可以看到你目前的水平能申请到什么层次的院校和专业了，对自己进行精准的定位。
这个系统里面的案例以英美澳加香港等国家地区居多。