工程博士证书与同等学力博士证书是一样的吗？

不一样。
工程博士入学的时候，必须要进行考试，最后获得双证，即学历证和学位证;
同等学力博士可以不参加考试，就可入学，但在毕业前要参加学位考试，通过学位考试就可以获得学位证，没有学历证。