澳大利亚国立大学和悉尼大学哪个硕士好？

就业，排名你都可以不考虑。因为和你没关系。就业率只针对本地学生，大部分留学生读完回国肯定不能作为就业率统计。留学生本身也比本地学生有很多先天劣势，比如身份，语言。所以留学生要在本地找到工作是很难的。排名的统计接口几乎和coursework的master也没关系，研究文献是research专业的事，就业率，师生比也只统计的是本科。
而且从你的专业分析，applied finance就不可能留下来。无论PR还是工作签证都需要通过SOL或CSOL上职业的职业评估才可以。Commerce如果满足accounting的科目要求就可以。
认可度来说对于你回国会比较重要，不过这两所大学都是澳大利亚顶尖，认可度是相当的。

综合考虑我建议你去悉尼大学的master of finance。首先你不用太纠结大学间的差别，coursework的master差别很小。
悉尼是2年的专业，多半年对英语能力的提高和思考能力的转换更有帮助。当然费用也会跟高些，但我相信你也不是为了混个文凭就回去。
此外在悉尼你能接触到的东西也更多，堪培拉是个行政城市，没什么公司。在悉尼至少你找到实习的可能更大些，打工机会也更多些。

ANU比悉尼大学好，简单来说，悉尼唯一的优势仅仅是地理位置好些。