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我做完了同一tissue的mRNA谱、microRNA谱及其蛋白谱，现在我想研究在这个tissue或者对这个tissue有功能的microRNA的identification，遇到几个问题，和大家讨论，希望大家能帮我出出主意：
1、策略一：选出显著上调和下调的microRNA（我已经用northern来验证了），然后做target预测，把预测到的target gene 及其蛋白质分别从表达谱中挑选出来相应的数据来分析其规律。问题：miRNA与基因的作用方式有三种，高表达的microRNA不一定对应低丰度的mRNA，更不用说蛋白质了！尽管遇到这个问题，但是我还是决定做下去，但是对统计软件SAS不熟悉，遇到了障碍。
2、策略二：选出显著上调和下调的microRNA（我已经用northern来验证了），用pictar等软件预测到一堆基因，然后选出我感兴趣的基因及其蛋白质，做体外实验来验证，问题是这个工作量和资金耗费都是很大的，且结果是不肯定的，但是，我目前也在进行当中。
大家有没有什么好的建议？
另外，我想就microRNA的功能分析开个讨论组，希望做microRNA的战友都来参与！
附录：
做target gene预测比较权威的网站：
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再发一篇文章介绍计算生物学的方法发现新的miRNA 和 target gene的综述文章，对于了解这些工具的网站及其有缺点有个全面的认识！

utational view of microRNAs and their targets .pdf (207.44k)
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发一篇miRNA克隆的文章，是国内一个实验室做的，大家有兴趣的话可以讨论一个比较好的克隆策略，ambion公司研制了一个flashPAGE分馏系统，可以有效分离收集～40左右的RNA，但是价格昂贵（感觉现在还是被人间接侵略），效果还可以，希望买了的实验室交流一下经验！

of human fetal liver miRNAs by a novel method.pdf (229.81k)
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可以用RNAi抑制前体microRNA(pre-microRNA)，并结合基因芯片（比如可以将生物信息技术预测的microRNA所针对的靶基因制备成基因芯片），或者直接用RT-PCR（最好用QRT-PCR），来检测抑制某miRNA前后的靶细胞基因表达谱变化，由此来推测microRNA所针对的靶基因。
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我也是做miRNA功能分析的，
使用的是AMBION的全套产品，具体作肿瘤的miRNA expression profiling and functional miRNA analysis,
希望大家多交流！
e-mail: peterzdmd25@yahoo.com.cn
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请问microRNA谱是Realtime PCR 还是microChip? 在那里买的，价格如何？谢谢
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microRNA谱是miRNA的表达谱，即miRNA micorarray expression profile.北京博奥公司可以做，你可在网上查询
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关于miRNA功能验证实验，我这里借miRNA与target genes 的3‘UTR区体外实验抛砖引玉：
Strategy
1. In vitro miRNA transcription
Construction of vectors, in vitro transcribed using T3 RNA polymerase /T7 RNA polymerase
2. In vitro 3’UTR RNA of target gene transcription
Construction of vectors, in vitro transcribed using T7 RNA polymerase
3. In vitro target gene 3’UTR / miRNA duplex formation
RNAs were purified by ethanol precipitation and their concentration was measured by spectrophotometry at OD260. miRNAs were labeled with 32P -ATP at the 5’ end and then purified on an 8M urea, 15% polyacrylamide gel. The RNA bands were excised from the gel and eluted with elution buffer (10mM Tris (pH 7.5), 1mM EDTA 0.1 M NaCl, 0.01% SDS) at 37oC for 5hrs. After elution, RNAs were ethanol precipitated and washed twice with 75% ethanol.
The binding assay was performed as follows: 3’UTR RNAs (vectors, 30-180 ng of RNA was used, concentrations available upon request) were incubated with 32P labeled miRNA at room temperature for 2 hours (Ha et al. 1996) in 20mM HEPES at pH 8.0, 5 mM MgCl2, 5% glycerol, 3 mg/ml tRNA of yeast, and 1 unit/l RNase inhibitor. This mixture was resolved on a pre-equilibrated 15% polyacrylamide, 0.5X TBE native gel at 100 V for 100 min. The gel was dried and exposed to film at –80oC.
附上参考文献一份，希望做过这个实验的同学分享一下自己的经历！

你好！ 可以去淘宝上面买哦。大哥！！！ 我看到过得。