清华大学电机系工学硕士两年能毕业吗？小弟没有分可给，在此只能道声谢。

能！
不过还是比较紧张的，一般是两年半或三年。

深研院的电机系和本部的电机系一脉相承。现在有两类硕士，工学硕士和工程硕士，两者都为全日制，工程硕士亦从应届本科毕业生录取，包括清华本校毕业推研的本科生。
工学硕士两年制（本部亦如此），第一学期在本部学习专业课程，第二学期开始去深圳做科研（也有可能留在北京做课题），直到毕业，找工作可以回本部，也可以在深圳完成。
工程硕士两年都在深圳学习，包括专业课程，这些课程由深研的老师开设，会更轻松一点。课题也在深圳完成，并且进入课题相对较早，因为工学硕士第一学期还在本部呢。所以对于你的问题，工程硕士学制2年（不排除被延期一年，3年毕业，呵呵，也是好事），是不回北京的，至少课题和学习都在深圳完成，至于论文答辩及其他事项，就不清楚了。
总体上来说，工程硕士现在的要求也很高，因为从09年始，研究生的招生结构大变化后，工程硕士（应届本科）性质完全变了，培养和工学硕士路数基本一样。好了，你最好直接找个清华的学生问一问，比较靠谱啊。