硕士论文申诉成功会入档案吗？

不会。档案不包括论文申诉，只包括你的个人档案和学习经历。研究生时期的档案有毕业研究生的登记表、学位证明、各科的成绩单、以及就业通知书。高中时期的资料有普通高中学生学籍管理表或是高中毕业登记表、高中各个阶段学生的考试成绩、体育合格情况登记表以及各种奖罚记录等。大学时期大学的毕业登记表、学年考评表、各种成绩记录单、就业通知书以及各种奖罚记录。