请问教育部只对毕业后的博士论文进行抽查么，硕士呢

不是，硕士生论文也进行抽查。
《博士硕士学位论文抽检办法》对其有相应的规定：
第三条 学位论文抽检每年进行一次，抽检范围为上一学年度授予博士、硕士学位的论文，博士学位论文的抽检比例为10%左右，硕士学位论文的抽检比例为5%左右。
第四条 博士学位论文抽检从国家图书馆直接调取学位论文。硕士学位论文的抽取方式，由各省级学位委员会和中国人民解放军学位委员会自行确定。

扩展资料：
《博士硕士学位论文抽检办法》相关法条：
第六条 每篇抽检的学位论文送3位同行专家进行评议，专家按照不同学位类型的要求对论文提出评议意见。3位专家中有2位以上（含2位）专家评议意见为“不合格”的学位论文。
3位专家中有1位专家评议意见为“不合格”的学位论文，将再送2位同行专家进行复评。2位复评专家中有1位以上（含1位）专家评议意见为“不合格”的学位论文认定为“存在问题学位论文”。
第九条 专家评议意见由各级抽检部门向学位授予单位反馈。硕士学位论文抽检的专家评议意见还应同时报送国务院学位委员会办公室。
参考资料来源：百度百科-《博士硕士学位论文抽检办法》

主要是博士，但是如果是以后的升职等重要人事变迁、学术方面的事，还是会对论文进行调查的，毕竟这些都是进入学术论文数据库的

硕士好像不查吧，目前没听说过。